La Cátedra fue creada en 2013, pero es heredera del extinto Seminario Permanente de Ganadería Ecológica, fundado por el profesor de la UCO Clemente Mata Moreno en 1991, por lo que se llevan casi treinta años trabajando desde la UCO por el sector de las producciones ganaderas extensivas y ecológicas, a través de la docencia, la investigación y la divulgación. Su actual director es Vicente Rodríguez Estévez, profesor del Departamento de Producción Animal de la UCO.
En los últimos años, el equipo de la Cátedra de Producción Ecológica ha participado en varios proyectos de investigación, entre los que destacan los siguientes proyectos internacionales: Prodehesa-Montado, para la valoración integral de la Dehesa y el Montado; OK NET Ecofeed, sobre alimentación ecológica para monogástricos; Life Live Adapt, sobre la adaptación de la ganadería extensiva al cambio climático; Life Scrubsnet, sobre regeneración y mejora de las dehesas mediante la gestión adecuada de las zonas de matorral; y mEATquality, que vincula las prácticas ganaderas extensivas con la calidad intrínseca de la carne de cerdo y de pollo. También ha elaborado diferentes informes entre los que caben destacar el trabajo titulado Producción ecológica mediterránea y cambio climático: estado del conocimiento, y el recientemente presentado Análisis de ciclo de vida para el cálculo de la huella de carbono de la oveja Lojeña en la Sierra de Loja; situándose la mitigación del cambio climático y la reducción de la huella de carbono en una de las principales líneas en las que actualmente trabaja la Cátedra de Producción Ecológica Ecovalia-Clemente Mata.